Saint Germain des Prés (49170) est jumelée avec Saint Germain des Prés 45220 Loiret.

Saint Germain des Prés est située dans l'aire urbaine de Montargis, sur la route départementale 943, à 10 km de Montargis, 6 km de Château-Renard et 120 km de Paris par l’autoroute A6.

L'Ouanne traverse le territoire de la commune.